A Igreja Matriz de Nossa Senhora dos Mártires encontra-se enraizada com uma vasta história, foi construída no século XVI, numa Ermida denominada de Nossa Senhora dos Mártires. Esta Ermida foi visitada por diversas vezes, durante o século XVI, pela Ordem de Santiago, que entre 1319-1356 tinha tido a sua sede no Castelo de Castro Marim em 1356 esta ordem trasladou-se para a vila de Tomar.

Estas visitações descrevem a Ermida como tendo um único corpo, com capela-mor abobadada com um coruchéu e um altar em alvenaria com tribuna onde assentava uma imagem de vulto de Nossa Senhora com o Menino, em pedra; no corpo da Ermida, de uma só nave, estavam três imagens pintadas de matiz, uma de S. Bartolomeu, uma de Santa. Catarina e outra de S. Sebastião.
A Igreja possuía o portal principal a poente e outro a sul, cada um com duas pias de água benta embutidas na parede de alvenaria; um adro, em redor da dita Ermida, o¬nde se enterravam os defuntos.
Igreja de São Sebastião em Castro Marim
A Igreja de São Sebastião surgiu no período das Guerras da Restauração no ano de 1640, com as lutas em volta das praças fronteiriças que readquiriam a importância perdida, Castro Marim voltou a ter maior incremento que outrora tinha perdido. Por esta altura levantaram-se outros baluartes, num dos quais havia a Capela de São Sebastião, arrasada aquando das obras do Forte, para que a Vila de Castro Marim não ficasse privada de um espaço de Fé, o Rei D. João IV ordenou que se construísse uma capela de invocação ao mesmo Santo, no ano de 1650, como dita a inscrição que se sobrepõe ao portal principal que diz: “esta ermida de S. Sebastião mandou fazer el-rei D. João IV por lhe tomar outra pera forte”. E aqui perdurou até aos dias de hoje.